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　　未来世界，面对妄图征服地球的外星人，出现了一个阻止敌人入侵的5人团队，为危难之中的人类带来了一线曙光，他们就是“科学忍者队”。 没有任务时五位成员各有工作，以普通人的身份生活。 一旦有异常情况出现，他们就成为无所不能的科学忍者，英勇的守护人类。...

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　　在奥内米斯王国里，有一支本应担任宇宙探险飞行的军队——王立宇宙军。但由于种种因素，他们始终只是一支无所作为的军队，甚至被其他军队视为废物。原本安于现状，只是在军队中混日子的年轻士官希洛兹（森本玲夫  配音），与美丽的少女莉库妮（弥生みつき  配音）邂逅，被她的单纯与虔诚所吸引，逐渐开始改变自己的人生态度——成为第一个探索宇宙的人，让“王立宇宙军”成为名副其实的宇宙探索者。　...