时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。　　与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），众人开启了调查。　　一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。　　挺身而出的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气...

过着无精打采日子的平凡大学生的私，一边被在“捉迷藏社团”中遇到的冷酷且聪明的前辈所吸引，一边与瞬间掌握人心的神秘男子黑服实现命运般的相遇。无聊的日子一变，被卷入了名为“真夜中乙女战争”的东京破坏计画中......