若竹玛丽离开祖母，进入了海边的全寄宿制名门女校就读，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。　　这两人的相遇是偶然还是必然？互相对抗却又互相吸引的两个人，他们的心渐渐重叠在一起……...

　　来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。　　在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）...

　　吉川春生（市来光弘 配音）是一名平凡的男子中学生，和自己的三个妹妹过着相依为命的生活。吉川舞夏（中原麻衣 配音）十分贤惠，擅长料理家中上下的各种事务，对春生有着强烈的占有欲。吉川千秋（酒井香奈子 配音）的运动神经异常发达，是一个活泼开朗的女孩。吉川冬乃（金田朋子 配音）视金钱如命，将家族的利益摆在第一位。兄妹四人虽然平日里吵吵闹闹的，但彼此之间的羁绊十分深厚。　　某日，春生的学校里来了一位名叫...